W granicach Welskiego Parku Krajobrazowego znajduje się wiele pomników przyrody, a zdecydowana większość z nich stanowią pojedyncze drzewa, głównie lipa drobnolistna i dąb szypułkowy. Najokazalszy okaz lipy drobnolistnej rośnie w Rybnie, a jej obwód w pierśnicy wynosi 530 cm. Na szczególną uwagę zasługuje także grusza pospolita w Wąpiersku, gdyż drzewa owocowe rzadko zastają pomnikami przyrody. W Parku są także dwie aleje pomnikowe. Pierwsza z nich znajduje się w Lidzbarku nad jeziorem Lidzbarskim i tworzą ją głównie lipy. Drugą jest powołana w 2008 roku aleja w Prętkach stworzona głównie z klonów. 

W 2019 roku na terenie gminy Grodziczno, przy granicy rezerwatu Piekiełko i łąki zwanej Pszczółkową Polaną powołano pomnikiem przyrody okaz szakłaka pospolitego. To jeden z trzech szakłaków pospolitych objętych ochroną w Polsce i jedyny o pokroju drzewa. Otrzymał on im. Śp. dr inż. Lucyny Koprowskiej, wieloletniego pracownika UWM w Olsztynie oraz Przewodniczącej Rady Welskiego Parku Krajobrazowego.

Wykaz pomników przyrody na podstawie inwentaryzacji z 2011 roku:

Gmina Rybno

Gmina Płośnica

Gmina Lidzbark